Tatsächlich sind die Ursachen des Reizdarmsyndroms bislang wenig erforscht und die Diagnose erfolgt daher meist im Ausschlussverfahren. Man geht Stand heute davon aus, dass es die typische Reizdarmerkrankung nicht gibt und dass ein Reizdarm durch verschiedene Faktoren verursacht werden kann.

Auffällig ist allerdings, dass bei vielen Betroffenen offenbar Stress eine große Rolle spielt. Gerade bei akuten Belastungen, aber auch im Zuge von Nervosität, Angst und psychischen Erkrankungen tritt das Reizdarmsyndrom auf. Das liegt daran, dass das zentrale Nervensystem mit dem Darmnervensystem über die Darm-Hirn-Achse verbunden ist und sie somit aufeinander reagieren.

Auch eine Dünndarmfehlbesiedlung, bei der Bakterien aus dem Dickdarm in den Dünndarm gelangen, eine jahrelange Fehl- oder Mangelernährung  oder Lebensmittelunverträglichkeiten können Ursache für das Reizdarmsyndrom sein. Die Veränderungen im Darm treten auch bei anderen Darmerkrankungen auf, was sowohl die Ursachenforschung als auch die Diagnose erschwert.